U sklopu obrade abnormalnih nalaza PAPA testa, kao prva slijedeća pretraga najčešće se po svjetskim smjernicama preporuča učiniti detekcija Humanog papiloma virusa (HPV). Pretraga se izvodi vrlo slično kao i uzimanje uzorka za PAPA test, dakle u smislu obriska vrata maternice pomoću specijalne četkice. Uzorak se šalje u molekularni laboratorij na PCR dijagnostiku kojom se traži prisutnost DNK samog virusa. Nalaz je gotov za 10 radnih dana i daje nam informaciju ima li pacijent HPV i koji tip. Budući HPV-a ima preko 100 tipova, podijeljeni su u dvije osnovne skupine: visokorizične i niskorizične. Test ne može pokazati kada je nastupila infekcija HPV-om .